Biji dalam perkembangannnya terdiri dari 3 bagian dasar, yang antara lain embrio, jaringan penyimpan makanan, dan pelindung biji.
Embrio yaitu bagian biji yang dapat tumbuh menjadi tanaman baru. Embrio terbentuk dari bersatunya gamet jantan dan betina pada proses pembuahan. Embrio yang berkembang sempurna akan memiliki bagian-bagian seperti epikotyl (calon pucuk), hipokotyl (calon akar), dan kotyledon (calon daun). Tanaman pada kelas angiospermae diklasifikasikan oleh banyaknya kotyledon. Tanaman monokotil mempunyai satu kotiledon seperti pada bawang, sedangkan tanaman dikotil mempunyai dua kotiledon seperti pada kacang-kacangan. Tanaman dari kelas gymnospermae umumnya mempunyai lebih dari dua kotiledon, misalnya pinus yang mempunyai 15 kotiledon. Pada tanaman famili rumput-rumputan, kotiledon berbentuk menyerupai perisai yang disebut scutellum, kuncup embrioniknya disebut koleoptil dan bagian bawah terdapat akar embrionik yang disebut radikula yang ditutupi oleh upih pelindung yang disebut coleorhiza.
Jaringan penyimpan makanan yaitu bagian biji yang berfungsi sebagai cadangan makanan untuk pertumbuhan embrio. Pada masing-masing jenis tanaman, jaringan penyimpan makanan memiliki sebutan yang berbeda, antara lain kotiledon pada kacang-kacangan, endosperm pada jagung, perisperm pada famili Chenopodiceae, dan gametphyte betina yang haploid pada pinus. Cadangan makanan yang tersimpan dalam biji umumnya terdiri dari karbohidrat, protein, lemak, dan mineral. Komposisi dan persentasenya berbeda berdasarkan jenis biji.
Pelindung biji yaitu bagian biji yang melindungi embrio dan jaringan penyimpan makanan dari lingkungan luar. Pelindung biji terdiri dari beberapa bagian yakni kulit biji, sisa nukleus, dan endosperm dan kadang-kadang bagian dari buah. Kulit biji berasal dari integumen ovule yang mengalami modifikasi selama proses pembentukan biji berlangsung. Kulit biji biasanya keras dan kuat dan berwarna coklat dan bagian dalamnya tipis dan berselaput dan berfungsi untuk melindungi biji dan kekeringan. Dalam hal penggunaan cadangan makanan terdapat perbedaan antara kelas monokotil dan dikotil, yaitu pada sub kelas monokotil cadangan makanan dalam endosperm baru akan dicerna setelah biji masak dan berkecambah setelah menyerap air. Sedangkan tanaman dikotil cadangan makanan terdapat pada kotiledon atau perisperm sudah mulai dicerna dan diserap oleh embrio sebelum biji masak.
